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En la terapia tópica se coloca el medicamento directamente en el área afectada. Esta terapia se puede emplear para tratar el precáncer vaginal (neoplasia intraepitelial vaginal o VAIN), pero no se usa para tratar el cáncer de vagina invasivo.

Con frecuencia, se utilizan dos medicamentos en la terapia tópica:

• El fluorouracilo (5-FU) es un medicamento de quimioterapia que se puede aplicar directamente al revestimiento de la vagina. Este proceso se repite cada semana durante aproximadamente 10 semanas o se administra todas las noches de 1 a 2 semanas. Sin embargo, este tratamiento puede causar irritación grave de la vagina y la vulva. Asimismo, es posible que no funcione tan bien como el uso de un láser o sencillamente la extirpación del área de células anormales con cirugía.
• El imiquimod es una crema que puede aplicarse al área de VAIN. El imiquimod no es un medicamento de quimioterapia. En cambio, actúa reforzando la respuesta inmunológica del cuerpo en la zona de tejido anormal. Se puede administrar una vez a la semana durante 3 a 8 semanas. Este tratamiento ha llevado al mejoramiento de la VAIN (las lesiones cambiaron de VAIN 2 o 3 a VAIN 1). En aproximadamente la mitad de las mujeres con VAIN 1 o 2, este tratamiento ha provocado que la VAIN desaparezca.